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来源：快三平台官方网站2024-06-27 17:48

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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点：可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

最新研究：物种灭绝对马达加斯加生物多样性威胁或长达数百万年******

　　中新网北京1月11日电 (记者孙自法)施普林格·自然旗下学术期刊《自然-通讯》最新发表一篇生物多样性研究论文指出，如果濒危动物灭绝，马达加斯加的生物多样性可能需要几百万年的时间才能恢复到人类抵达前的水平。这项研究结果表明，需立即开展保育行动防止长期持续的生物多样性丧失。

马达加斯加的日落，这里是几种猴面包树的家园。　Association Vahatra　摄

　　该论文介绍，马达加斯加生活着许多独一无二的动物物种，包括环尾狐猴、马达加斯加长尾灵猫，还有世界上最小的变色龙等，很多这些物种都因为人类影响濒临灭绝，这些人类影响包括森林砍伐、打猎和气候变化。演化和来自其他地区的新物种或能最终补偿这些动物的灭绝，但这个过程需要很长的时间。

維氏冕狐猴是马达加斯加现存109种狐猴中的一种，为极危物种，当地已有17种狐猴灭绝。　Chien C Lee　摄

　　论文第一作者、荷兰阿姆斯特丹大学内森·米切尔森(Nathan Michielsen)和论文通讯作者、荷兰格罗宁根大学路易斯·瓦伦特(Luis Valente)与合作者一起，尝试量化人类对马达加斯加动物的破坏程度，并预测未来的结局。他们收集了包含249种现生哺乳动物和最近灭绝的哺乳动物的完整数据集，包括人类首次抵达该岛后不久消失的大狐猴、倭河马等多个物种。通过将这些数据与物种演化历史以及它们随时间的地理分布的统计模型相结合，作者发现，如果当前的威胁不加缓解，马达加斯加将需要300万年才能恢复自人类抵达以来所消失的物种。此外，如果当前的濒危物种也发生灭绝，马达加斯加将需要超过2000万年的时间才能恢复。